از نظر وزارت بهداشت افزایش هزینه‌های سلامت با هدفمندی یارانه‌ها از افزایش ۴۰ تا ۶۰ درصدی که برخی آن‌را اعلام کرده‌اند کمتر خواهد بود. معاون درمان وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در گفت‌و‌گو با ایسنا ضمن بیان این مطلب و تاکید بر این که تعرفه‌های درمانی پس از  اجرای قانون هدفمندی یارانه‌ها باید به صورت واقعی تعیین شود، افزود: ‌به‌عنوان نمونه تجهیزات وارداتی، ارتباطی به حامل‌های انرژی ندارد و بر اساس گزارش‌های موجود، تجهیزات تولید داخل نیز شاید یک تا دو درصد افزایش هزینه داشته باشد. در مجموع اکنون اعلام هر درصدی در مورد افزایش هزینه‌های سلامت غیرواقعی خواهد بود و باید قبض‌های آب و برق مراکز درمانی و هزینه‌های دیگر اقلام بیمارستانی مانند مواد غذایی و تجهیزات مصرفی و ملحفه‌ها به صورت واقعی بررسی و در تعرفه‌ها منظور شود.
دکتر سید‌حسن امامی‌رضوی درباره چگونگی جبران هزینه‌های بیمارستان‌ها پس از آزاد شدن حامل‌های انرژی گفت: با آغاز اجرای قانون هدفمندی یارانه‌ها، محاسبات دقیق در افزایش هزینه‌های بیمارستان‌های خصوصی و دولتی در دستور کار قرار گرفت؛ به این ترتیب بر‌اساس نتایج حاصل از این بررسی‌ها، تعرفه‌های درمان در سال آتی از رشد معقول برخوردار خواهد بود.
وی افزود: با تصویب قانون برنامه پنجم توسعه، تعیین تعرفه‌های پزشکی در بخش دولتی و خصوصی با دولت خواهد بود و پس از بررسی افزایش هزینه‌های درمانی، تعرفه‌های درمانی نیز رشد می‌کند. در حال حاضر هر عدد و رقمی که درباره افزایش هزینه‌های سلامت به دلیل هدفمندی یارانه‌ها عنوان می‌شود، تقریبی و حدسی است.
امامی رضوی تصریح کرد: از زمان اجرای قانون هدفمندی یارانه‌ها تا پایان سال، سه ماه فرصت است که افزایش هزینه‌های بیمارستانی به صورت واقعی بررسی شود. این ماموریت داده شده که افزایش هزینه‌های بیمارستانی در بخش دولتی و خصوصی بررسی شود. افزایش هزینه‌ها در حامل‌های انرژی برای بخش درمان دولتی و خصوصی با یکدیگر تفاوتی نخواهد داشت. این میزان افزایش هزینه‌ها محاسبه می‌شود و سرباری که ایجاد می‌کند در افزایش تعرفه‌های درمانی در سال آینده لحاظ می‌شود.
وی درباره برنامه حمایتی دولت از بخش درمان خصوصی با آزاد شدن حامل‌های انرژی، گفت: این افزایش هزینه‌ها در تعرفه‌های بخش خصوصی به صورت معقول در نظر گرفته خواهد شد.